Bến Bình Đông được hình thành từ thế kỷ XIX, trong quá trình phát triển đô thị Gia Định - Sài Gòn. Cùng với các bến khác ở Sài Gòn xưa như Bến Thành, Bến Nghé, Bến Hàm Tử, Bến Chương Dương, Bến Bạch Đằng… trên các kênh rạch và sông Sài Gòn; Bến Bình Đông là cửa ngõ giao thông và giao thương quan trọng của đất Sài Gòn và các vùng lận cận - đặc biệt là miền Tây Nam bộ.
Trong lịch sử, Bến Bình Đông từng là trung tâm buôn bán nhộn nhịp nhất nhì Sài Gòn - Chợ Lớn.
Trước đó, từ thế kỷ XVIII, nơi đây có một cộng đồng người Hoa di dân từ Cù Lao Phố (Biên Hòa, Đồng Nai) tới hai bên kênh Tàu Hủ lập nghiệp và buôn bán. Khu vực này trở nên sầm uất và là tiền đề để lập nên Bến Bình Đông.
Hiện nay nơi đây vẫn còn dãy nhà cổ của người Hoa được xây từ đầu thế kỷ XX. Kiến trúc này là yếu tố quan trọng tạo nên cảnh quan Bến Bình Đông trên bến dưới thuyền, tạo lập nên không gian đô thị. Dãy nhà này xây theo kiểu nhà phố liền kề, với tổng chiều dài khoảng hơn 100 mét, cao hai tầng và mái lợp ngói; với chức năng là vừa ở vừa buôn bán.
Hiện nay kiến trúc đã có nhiều biến đổi song cấu trúc chung trong tổng thể vẫn còn hiện rõ nét. Phần lớn tầng trệt dãy nhà vẫn được sử dụng làm nơi buôn bán, kinh doanh. Có những ngôi nhà đã thay đổi, nhưng cũng có những ngôi nhà vẫn còn hình hài dáng dấp như thủa ban đầu.
Đối diện với dãy nhà cổ, trên kênh Tàu Hủ là bến thuyền. Mặc dù qua những đổi thay của thời gian, thủy lộ không còn là chính yếu, bến thuyền không còn tấp nập như xưa, thậm chí nhiều khi vắng vẻ; song nơi đây vẫn là điểm đến và là nơi neo đậu của những con thuyền buôn bán từ phương xa tới Sài Gòn - TP.HCM. Những con thuyền này chủ yếu đến từ những tỉnh miền Tây Nam bộ như: Long An, Tiền Giang, Bến Tre, Vĩnh Long, Sóc Trăng, An Giang… Hàng hóa chở lên Sài Gòn chủ yếu là các loại trái cây, hoa, nông sản…
Hàng từ ghe thuyền dưới kênh được chuyển lên ngay trên bến và bán tại chỗ. Nơi đây hình thành một không gian chợ.
Hình ảnh những con thuyền và chợ trên Bến Bình Đông là một hình ảnh quen thuộc, đẹp dung dị, gợi những ký ức xưa cũ trong một thành phố hiện đại và hoa lệ.
Bến Bình Đông không chỉ là nơi lưu dấu lịch sử phát triển của Sài Gòn - Thành phố Hồ Chí Minh mà còn là không gian di sản văn hóa - kiến trúc đô thị. Hy vọng những đề án của chính quyền thành phố sẽ là những giải pháp tốt để bảo tồn không gian đô thị độc đáo này.
Hiện nay, những ngày giáp tết, những ghe thuyền chở hoa, cây kiểng từ các nhà vườn ở Bến Tre, Tiền Giang, Vĩnh Long, Đồng Tháp tấp nập đổ về bến Bình Đông để phục vụ cho nhu cầu mua sắm, chưng tết của người dân thành phố. Mai vàng là một trong những loại hoa kiểng được các nhà vườn mang lên thành phố bán tết nhiều nhất.
Qua lớp bụi thời gian, cảnh vật quanh bến Bình Đông đã ít nhiều đổi thay, nhưng trong ký ức người dân Sài Gòn và các thương thuyền miền Tây sông nước vẫn còn lưu giữ một hình ảnh “trên bến dưới thuyền” nhộn nhịp, tấp nập nhất nhì của vùng đất Sài Gòn - Chợ Lớn xưa.