Chùa nổi tiếng với 6 "cụ" rùa, trong đó có 1 "cụ" 108 tuổi (nặng 15 kg), 1 "cụ" 103 tuổi (nặng 13 kg). Có 1 con rùa rất đặc biệt, tuổi đời nhỏ nhất, chỉ ngủ mùng (màn) và không bao giờ chịu… xuống nước. Ngoài ra còn có hơn 10 cá thể rùa được phật tử phóng sanh tại chùa và được chăm sóc chu đáo.
Vì tuổi đời trăm năm và biết "tu hành" nên những "cụ" rùa ở chùa này được khách thập phương khi đến thăm chùa đều rất yêu mến. Phật tử đến viếng chùa gọi những "cụ" rùa là "ông quy". Những "ông quy" này suốt ngày chỉ bò quanh quẩn trong sân chùa, ai muốn sờ mó, ôm bồng đều được và dù có bế đi đâu thì "ông quy" vẫn bò về chỗ cũ.
Ngoài chuyện về các cụ rùa, chùa Phước Kiển còn được nhiều người biết đến bởi có những lá sen khổng lồ cõng người nặng cả đến trăm kí. Trước đây chùa từng bị dội bom 2 lần, chỗ hố bom chính là 2 ao sen hiện tại.
Năm 1992, Hòa thượng Thích Huệ Từ phát hiện giống sen lạ trong ao, có người gọi là sen vua, có khi gọi là súng nia, cây nong tầm… Lá sen to, dày đường kính tối đa đến 3m. Mặt trên lá có nhiều vân xanh, mặt dưới đầy gai màu nâu đỏ. Hoa sen nở quanh năm không có gương như sen Việt. Lúc mới nở có màu trắng chuyển sang sắc hồng rồi ngả màu tím khi tàn.
Ông Trần Văn Lạc, Phật tử phụ trách trông coi ao sen cho biết, khi mùa thuận tức mùa nước nổi lá sen to đến 3m. Còn ngày thường đường kính của loại sen này chỉ tối đa 2m. Để đứng hoặc ngồi được trên lá sen cần phải đặt một tấm mâm mỏng bằng thiếc hoặc nhựa lên mặt lá, rồi mới từ từ bước vào giữa tâm của chiếc mâm và lá sen. Một lá sen có thể cõng được người tối đa 140kg.
"Tôi biết đến chùa lá sen qua mạng xã hội nhưng cứ tưởng chùa ở xa, tình cờ đi ngang Đồng Tháp và thấy chùa nên chúng tôi ghé vào tham quan. Đây là lần đầu tiên tôi được đứng trên chiếc lá sen to đến thế và cũng là lần đầu tiên thấy được những cụ rùa hiền từ vô cùng", chị Trần Thị Phượng đến từ Vĩnh Long nói.